中西医结合基础学科创建于1985年，1986年获得硕士学位授予权。中西医结合基础学科分别于2001年、2006年被遴选为江西省高校“十五”、“十一五”重点学科，2009年被遴选为国家中医药管理局重点学科，并于2003年和2006年被遴选为江西省示范性硕士点进行重点建设。2011年中西医结合基础与中西医结合临床联合以一级学科申报江西省高校“十二五”重点学科并获批准立项建设。

经过二十多年的建设和发展，该学科形成了以中医药抗感染作用及机理研究、中医药防治肿瘤作用及机理研究、中药复方配伍药理与药性药理研究、中医药神经保护作用及机制研究为主的多个研究方向，并在中医药与微生态的基础与应用研究、中医药防治代谢性疾病作用及机制研究等领域有了新的发展。

该学科具有一支年富力强、经验丰富、结构合理、创新能力强的学科队伍，在教学科研实践中取得了丰硕的成果。该学科现有成员26人，其中教授8人、副教授11人、讲师7人，获得博士学位14人、硕士学位9人。近3年来，学科成员主持立项和完成各级科研项目62项，其中主持国家级课题13项、省部级课题14项、厅级课题24项；发表学术论文157篇，其中被SCI收录11篇、核心期刊论文113篇；出版教材论著24部，其中主编6部，副主编5部。